目前，柴油发电机存在噪声、排气烟色和废气污染等三大公害，尤其是车用柴油发电机直接影响城市的环境卫生。
柴油发电机的机房，如果建设在居民住宅区或商业街道附近，在运行时会发出很大的噪声，必需采取各种降低噪声的办法，使机组发出的噪声符合国家的标准。
柴油发电机的排烟比汽油机约多50倍。
柴油发电机在全负荷及加速工况时，排烟量更大。
为控制柴油发电机的排烟，不少国家都制定了柴油发电机烟度的排放限值，并规定了不同的测试方法。
排烟浓度是柴油发电机极重要的特性。
它是限制柴油发电机最大功率、排温、气缸压力及排气成分的重要因素，也是判断柴油发电机强化性能优劣的有效方法。
烟度是评价柴油发电机排烟浓度大小的指标，利用烟度计检测。
烟度计大致分为滤纸式（Bosch）、透光式（Hartridge)和质量式等类型。
我国规定，采用滤纸式烟度计测定柴油发电机烟度。
柴油发电机的净化办法：（1）柴油发电机的前处理技术主要有废气再循环(EGR)、燃油掺水、燃料改质及采用代用燃料等。
（2）柴油发电机排气后处理技术主要有催化法、水洗法、再燃烧法、文氏管净化法和微粒捕集法等。
目前只有氧化催化法和水洗法比力成熟，应用较遍及。
